大量の fastq をトリミング "Trimmomatic"
大量の fastq をトリミングしたかったので。 以下のように、fastq データがあるときに while read で２行ずつ読み込んで処理する方法。
$ find | grep fastq.gz RUN001_1.fastq.gz RUN001_2.fastq.gz RUN002_1.fastq.gz RUN002_2.fastq.gz RUN003_1.fastq.gz RUN003_2.fastq.gz ...
以下に示す、loop_trimming.sh, trimming.sh を用意して、
パイプして実行する。
$ find | grep fastq.gz | loop_trimming.sh
trimming.sh
#!/bin/bash
CMDNAME=`basename $0`
while getopts i:j: OPT
do
case $OPT in
"i" ) FLG_A="TRUE" ; INPUT1="$OPTARG";;
"j" ) FLG_B="TRUE" ; INPUT2="$OPTARG" ;;
* ) echo "Usage: $CMDNAME [-i INPUT1.fastq(.gz)] [-j INPUT2.fastq(.gz)] " 1>&2
exit 1 ;;
esac
done
trimmed1=`echo $INPUT1 | sed s/.fastq.gz/_trimmed.fastq.gz/ `
trimmed2=`echo $INPUT2 | sed s/.fastq.gz/_trimmed.fastq.gz/ `
unpared1=`echo $INPUT1 | sed s/.fastq.gz/_unpaired.fastq.gz/ `
unpared2=`echo $INPUT2 | sed s/.fastq.gz/_unpaired.fastq.gz/ `
echo $INPUT1 $trimmed1 $unpared1
echo $INPUT2 $trimmed2 $unpared2
java -jar trimmomatic-0.36.jar \
PE \
-threads 1 \
$INPUT1 \
$INPUT2 \
$trimmed1 \
$trimmed2 \
$unpared1 \
$unpared2 \
ILLUMINACLIP:adapters.fa:2:30:10 \
LEADING:20 \
TRAILING:20 \
SLIDINGWINDOW:4:15 \
MINLEN:36
loop_trimming.sh
#!/bin/bash
while true
do
read line1
read line2
if [ -z "$line1" ] ; then break ; fi
bash trimming.sh -i $line1 -j $line2
done
