切り出したGTFファイルとリファレンス配列から SeqKit - Ultrafast FASTA/Q kit を用いて、各遺伝子領域の配列の fasta ファイルを作成。 以下の記事を参考にさせていただきました。 kazumaxneo.hatenablog.com

GTFファイルのうち特定の（調べたい）遺伝子だけを使いたいとき、 grepコマンドを用いて、その遺伝子を含む行を抽出する方法。 orebibou.com